在正常运行一段时间后，膜元件会受到给水中可能存在的悬浮物或难溶物的污染。在标准条件下系统性能下降10%，或显然发生结垢或污堵时，应及时进行清洗。定期地进行水冲洗和化学加药清洗可恢复膜元件的性能，延长膜元件的使用寿命。
系统在短期停止运行期间，应每隔5天冲洗系统，冲洗后关闭阀门防止结垢堵塞。
系统长期停运（30天以上），添加1%亚硫酸氢钠溶液，以防止细菌繁殖。